Όταν παρουσιαστεί φλεγμονή στην κύστη κόκκυγα, τα συμπτώματα ποικίλλουν, από την εμφάνιση ενός μικρού πρηξίματος στην περιοχή μέχρι και τη δημιουργία αποστήματος, που συνοδεύεται με ισχυρό πόνο -ειδικά όταν κάθεται ο πάσχων- και κάποιες φορές με πυρετό. Τις περισσότερες φορές, παρατηρείται στην περιοχή της φλεγμονής εκροή υγρού ή πυώδους υλικού από το συρίγγιο, το οποίο συνήθως έχει άσχημη οσμή.
Η κύστη κόκκυγα, αν δεν κάνει φλεγμονή, δεν υπάρχει κανείς λόγος να χειρουργηθεί. Αν όμως παρουσιάσει, έστω και μία φορά μόλυνση, πρέπει, οπωσδήποτε, να χειρουργηθεί επειδή είναι απολύτως βέβαιο ότι θα ξανασυμβεί.